化学与制药工程学院现有应用化学、化学测量学与技术、化学、制药工程、药物制剂和生物制药六个本科专业。

制药工程专业：本专业设立于1999年，已为医药行业培养了1200多名制药工程师，现有在校生318人。2015年获批吉林省高校“卓越工程师”教育培养计划试点专业，2018年被评为省特色高水平专业，同年顺利通过教育部工程教育专业认证，跻身全球工程教育第一方阵。2019年被评为省一流专业，同年底被批准为国家一流专业建设点。 

化学专业：专业始建于2004年，每年招生80人左右，已经为化学、化工、医药等相关领域培养800多名高素质人才，现有在校生351人。现为吉林省一流专业（2019年）、吉林省特色高水平专业A类（2018年）、吉林省首批“品牌专业”（2014年），吉林省优势特色专业（2011年），是学校基础实力雄厚、发展速度最快的本科专业之一，在省内具有一定的影响力和知名度，2018年艾瑞森专业排名40位。    

应用化学专业：专业始建于1989年，每年招生80人左右，已经为化学、化工、医药等相关领域培养2000多名高素质人才，现有在校生419人。现为吉林省优势特色专业（2011年），吉林化工学院品牌专业（2017年），吉林化工学院一流专业（2019年），是学院建设最早的专业，师资力量雄厚，也是学院发展的根基。    

化学测量学与技术：专业始建于2022年，从原应用化学（工业分析）专业发展而来，每年招生80人左右，现有在校生78人，属于新兴的交叉学科，师资力量雄厚。本专业主要培养大批能开展大型仪器设备原理开发、设计制造、功能开发、使用维护、售后技术服务及人员培训等方面的人才。

生物制药专业：本专业2011年开始招生，每年招生40人左右，现有在校生114人，现为吉林省创新创业专业。       

药物制剂专业：本专业2005年开始招生，已经为化学、化工、医药等相关领域培养700多名高素质人才，现有在校生271人，为吉林化工学院优势特色专业。  

　　化学与制药工程学院始终秉承学科和专业优先发展的育人理念，实现了国家级、省级和校级三层次办学的专业发展格局，完成了所有专业校级以上名头的全覆盖。专业发展立足吉林、面向全国，力争为国家培养更多的面向生产管理一线的现代工程师。